La mejor manera de visitar las Islas Galápagos es a bordo de un crucero pequeño. Casi todos los barcos llevan un máximo de 16 pasajeros. Durante el crucero se come y se duerme a bordo, y por lo general la navegación se realiza por la noche. De este modo también se pueden alcanzar las islas más alejadas. Todos los barcos cuentan permanentemente con uno o más guías profesionales de habla inglesa.
Durante el día se visitan al menos dos sitios. Uno se levanta temprano, desayuna a bordo y luego desembarca, donde el guía conduce la visita. Al mediodía se regresa al barco para almorzar. La embarcación navega luego hacia el siguiente sitio, donde se desembarca nuevamente para una nueva visita. Según el programa, a veces se realiza natación, esnórquel o kayak.
Solo alrededor de 80 barcos tienen permiso para transportar visitantes en las Islas Galápagos, y sus licencias se revisan cada año.