La mejor forma de visitar las Galápagos es en un crucero pequeño. Casi todos los barcos admiten un máximo de 16 pasajeros. Durante el crucero se come y se duerme a bordo, y normalmente se navega de noche. Así se llega también a las islas más remotas. Todos los barcos llevan permanentemente a bordo uno o más guías profesionales de habla inglesa.
Durante el día se visitan al menos dos lugares. Hay que levantarse temprano, desayunar a bordo y bajar a tierra para que el guía le muestre los alrededores. Por la tarde, regresará a bordo para almorzar. El barco navega hasta el siguiente lugar, donde se desembarca de nuevo para otra visita. A veces hay natación, snorkel o kayak, siempre según el programa.
Sólo unos 80 barcos tienen permiso para llevar visitantes a las islas Galápagos. Su permiso se revisa cada año.