La isla Baltra también se conoce como South Seymour. Aquí es donde se encuentra el aeropuerto principal de Galápagos. Los visitantes que lleguen serán recibidos por el guía naturalista u otro miembro de la tripulación del crucero con un cartel con el nombre del barco. Luego sigue un corto viaje en autobús desde el aeropuerto hasta el puerto, donde los barcos esperan a que los pasajeros comiencen el crucero.

El aeropuerto de Baltra fue construido por el ejército de los Estados Unidos durante la Segunda Guerra Mundial para proteger el Canal de Panamá. Durante este período, la mayor parte de la fauna nativa de la isla fue aniquilada. Las iguanas terrestres solo se han reintroducido con éxito recientemente. Se pueden ver cerca del aeropuerto.

Baltra es actualmente una base naval ecuatoriana y no se encuentra dentro de los límites del Parque Nacional Galápagos.